长门一家人所在的雨之国村庄外，一行神秘人突然出现在树林之中。
“根据我们收集到的信息，那双眼睛出现在了这座村庄里。”
其中一名领头人拿出了事先收集到的情报，在确认无误后，朝着身后的一行人说道。
“听团藏大人说，那双眼睛具有比写轮眼更加强大的力量，需要我们将那一双眼睛完整的带回去，恐怕没那么容易。”
另一名同行人回应道。
原来这些人都是志村团藏手下的暗部成员，每一名成员都佩戴着各式各样的面具，身穿着灰黑色的忍者作战服装，并且在原地停留的时候也保持着完整的队形，还有几人在周围隐蔽、警戒，俨然是一队精英级别的作战部队。
“容易的话，就不会轮到我们来做了。”那名领头的忍者说道。
“不过既然是团藏大人安排的任务，我们就要拼尽全力完成，没有任何退路。”
这句话在场的众人都十分认同，志村团藏对于手下的根部实行了铁血手段的统治，任务失败的后果，在场的众人都知道。
“既然已经找到了目标，那么就开始执行任务吧。”
在领头忍者的带领下，一行人迅速杀向了眼前安静、祥和的村庄。
“外面是什么声音？”
根部在村子里肆意屠杀的声音传到了长门一家人所在的木屋内，惊动了屋内的四人。
“不好。”长门心中暗道，他太清楚了那是战斗传来的声音。
“是外国忍者进攻了雨之国吗？还是其他的人员？”几个念头在长门心中闪过，他也无法判断出外面的局势。
不过为了父母的安全，他还是准备先行撤退。
“父亲、母亲，我先带着你们离开。”
“长门伯伯，外面究竟是怎么了？”才几岁的小晴还没有经历过战争，正缩在门口，紧张兮兮地打量着外面的动静。
长门不忍地看着眼前的小姑娘，犹豫片刻终究还是说出了事实。
“应该是有忍者进攻了村子，我准备带着父母先行离开，你要和我们一起吗？”
如果小晴愿意的话，长门也不会对于这个小姑娘坐视不管，也会带上她一起撤离。
“可是、可是我的爸爸妈妈还在村子里面。”小姑娘虽然十分紧张、害怕，却仍然记得自己的父母还在村子里，她舍不得独自离开而丢下自己的父母。
“要不，长门伯伯你们先走吧，我、我要回去找我的爸爸妈妈。”小姑娘虽然一脸的纠结，但还是做出了自己的选择。
说完，小晴就准备向外跑去。
“等一等。”就在此刻，长门拦住了小晴。
“通灵之术。”长门直接使用出了通灵术，召唤出来了变色龙，随后面对自己的父母说道。
“父亲、母亲，我先让我的伙伴带着你们离开。我自己会陪着小晴去找到她的父母，然后一起离开来追上你们。”
最终，长门还是没有忍心放任小晴这个相处了三个月的小姑娘一个人去送死，更不忍心看到小晴独自去面对一个悲惨的结局。
“你、你们去吧，我和你父亲都会一直等着你回来。还有，万事要小心，不要强求。”
长门的父母也不忍将长门强行留下来，善良的他们也不能做到见死不救。
“我会的，母亲。”话刚说完，长门便带着小晴朝着她家的方向赶去。
刚一出门，长门就注意到外面的情况要比他想象中更加严重，不远处的村落中火光冲天，哭喊声与哀嚎声隐隐传来。
也就是因为长门的家位处在村子的偏远处、所以还没有遭受到波及。
而小晴的家则处在村子的边缘，虽然不用深入村子中心，却也承担着不小的风险。
“长门伯伯，我、我害怕。”
跟在长门身边的小晴何曾见到过这种场面，已经被吓得六神无主。
“没事我会保护你的，现在我们赶紧朝你们家的方向赶去。”说罢长门便牵起小晴冰凉的小手，朝着一个方向赶去，他记得小晴的家所在的方位。
只是由于长门身体虚弱，小晴又还太小，所以两人赶路的速度并不算快。
长门本想通灵出地狱犬或者是铁犀牛载着自己和小晴赶路的，却又担心目标太大会吸引敌人的注意力，所以两人只得步行赶路。
当长门和小晴赶到时，就已经可以看到小晴的家中同样有火光传来。
“爸爸妈妈！”
此刻小晴对父母的关心战胜了恐惧，瘦小的身影朝着自己家跑去。
见此情景，长门也只得快步跟上，并做好了随时战斗的准备。
“啊啊啊啊！”
小晴的惊叫声突然爆发，在她的瞳孔中倒映出来的，是倒在血泊中的小晴父母。
根部的做事风格一成不变，宁可杀错，绝不放过。小晴的父母都被根部的忍者割开了喉咙，早就气绝身亡了。
《阵之书》原文记载，志村团藏为了实现自己对忍者的理想的需要，成立了暗部养成部门。
这个组织位于木叶的影子底下，将树根深深扎进黑暗里，最大的目的就是在暗中消灭会妨碍村子繁荣的障碍。为此，他们执行任务时不择手段，这正象征着团藏的“忍之黑暗”，是一个无情且残酷的组织。
由于猿飞日斩在继任火影后没能有效延续二代目火影·千手扉间治理宇智波一族的基本方针，导致让团藏背负起了村子的黑暗，团藏由此获得以暗部培训部的名义成立了隶属于自己的独立组织“根”的权利。
在《疾风传·卡卡西暗部篇》中，“根”成员曾奉团藏之命，组建十人队伍执行对在九尾之乱结束后重新上任的三代目火影实行暗杀，但由于曾被拉拢的旗木卡卡西的倒戈而失败。
在宇智波灭族事件之后，猿飞日斩下令解除团藏“火影辅佐”的职务，并让团藏将“根”解散。
虽然“根”在宇智波灭族事件后就已经解散，但仍有不少成员继续在暗部任职，甚至继续效忠于“根”。若干年后，该组织因得到了木叶两大顾问水户门炎和转寝小春的支持而重新恢复建立。
《阵之书》原文记载，根的队员是由团藏直接招募组成，团藏选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等。
队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，团藏彻底将他们培养成完全执行任务的棋子。
所谓“根”之人，没有名字、亦无感情。没有过去，无未来。心中只有任务，在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的“根”的意志。
“根”成员佩戴的面具比火影直属暗部的面具要更加丰富多彩，并不只限于仿照动物的面部。
“果然就是志村团藏手下的根组织。”
长门一眼便认出了对方的身份，推测出应该是团藏在上次交手撤离后，派来寻找自己的。
而这些村民，包括小晴的父母，都是被自己牵连住的牺牲者。
为此，长门心中惭愧。他一把将小晴拉回身边，挡在了身后。小晴刚刚的叫声，也惊动了前方的两名根部忍者。
“那边，还有两个漏网之鱼。”
两名佩戴着面具的面具的根部忍者转身朝着长门和小晴的方向杀来。
“嗖嗖嗖嗖！”
四只苦无朝着长门和小晴的方向飞来，在这两名根部忍者眼中，解决掉长门和小晴这两个孩童就像踩死一只蚂蚁那样简单。
“不对，那双眼睛是？”
忽然其中一名根部忍者发现了长门眼眶中那一双淡紫色的眼睛。
“那就是团藏大人要找的轮回眼？”