自从千手柱间去世后，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为再现初代木遁秘术而做起研究。然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却完全失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去......
在初代火影千手柱间死后，木叶村曾经启动过有关柱间细胞移植的实验计划，想要让木叶再次出现木遁忍者，后来因为伤亡过多又没有成果，就被三代火影猿飞日斩禁止了。但志村团藏后来还是秘密重启了有关柱间细胞移植的计划，大蛇丸帮助团藏进行过这个计划并诞生了成果，能使用木遁的大和就是如此诞生的。不过，当初大蛇丸自己也不知道作为实验体的60个幼儿中有一个大和活了下来并继承了木遁，不然这一禁忌实验也不可能只有大和一个成果了。随着岁月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，一个试验体婴儿存活了下来，而这名婴儿就是后来的大和。
另一项实验技术，是大蛇丸已经掌握了完美克隆的技术。不过，大蛇丸似乎并不是很喜欢克隆技术这一禁忌实验，之所以会克隆出很多信，主要也是因为信的体质很特殊，移植任何器官也不会发生排异反应。另外，志村团藏的写轮眼手臂，就是大蛇丸利用信的特殊体质，移植了柱间细胞和写轮眼保持平衡后的产物。
大蛇丸虽然从来没有在自己身体上移植任何人的细胞，但他在细胞移植技术这一禁忌实验上已经非常成熟了。后来，药师兜通过移植音忍五人众和大蛇丸等人的细胞后，就能用出音忍五人众和大蛇丸等人的血继限界和忍术，就是利用的大蛇丸的细胞移植技术。
大蛇丸没有大量应用克隆技术，很有可能就是因为他更青睐于人造人技术。在博人传中，大蛇丸已经可以利用生物技术创造出真正的人类。大蛇丸的儿子巳月就是大蛇丸结合了多种优良基因之后制造出来的人造人。
综合以上，大蛇丸不愧是忍者世界的狂人科学家。
第一个是绝，晓组织成员，代号“玄”。
绝由两半部分组成，右半身为“黑绝”左半身为“白绝”。黑白绝虽然同为一体，但性格截然不同，黑绝性格阴沉，白绝性格较为随和。
白绝拥有复制查克拉的能力，通过碰触就能复制出相同的查克拉以及招数，且不能被感知型的忍者察觉。在第四次忍界大战中，白绝为阿飞的主要战力，数量有十万之多。白绝是宇智波斑用初代火影柱间的细胞培养的“劣质产物”（实则是辉夜为了对付大筒木三人组桃式、浦式、金式，以无限月读和神·树界诞降制造出的活体兵器。）以外道魔像为媒介制造出来的。由于本身是由神·树界降诞孕育而成的，死后可以化为树木，所以归于木遁使用者之列。
而黑绝实际上是六道仙人之母大筒木辉夜意志的化身（即辉夜的第三个儿子），拥有7种查克拉属性。
第二个就是宇智波带土，宇智波族人，晓组织成员，以阿飞之名代替已故前任“蝎”，曾是木叶村的一名忍者，与旗木卡卡西、野原琳同属水门班的成员，在神无毗桥之战中为救卡卡西而被岩石压中处于濒死状态，他将写轮眼与守护暗恋的女孩野原琳的愿望一同托付给挚友旗木卡卡西。一度被认为死亡，后被宇智波斑救活，还为他以柱间细胞铸造了另一半的身躯，少年时期的带土移植柱间细胞后并没有出现排斥反应，不但自愈能力和查克拉量大幅度提高，而且还可以使用木遁，甚至不吃不喝也没有问题。
总的来说，是千手柱间将木遁的威力发扬光大，而后面几人则是利用了木遁对自身进行了实力的提升，乃至于实力的跃迁。
忍界已知的有：灼遁（火+风），能够瞬间提升生物体内的温度。代表者叶仓，代表术灼遁·过蒸杀。由风、火两种查克拉性质变化融合而成。其特点是通过体内查克拉结合产生新性质，而非单纯的风遁与火遁组合。主要使用者叶仓的“灼遁·过蒸杀”能在接触对手时蒸发水分，使其变为干尸。原剧情里，第四次忍界大战中，鸣人与佐助的组合忍术“灼遁·光轮疾风漆黑矢零式”虽被波风水门临时命名，但并非真正的灼遁。
叶仓是砂隐村的上忍，擅长血继限界灼遁，风之国砂隐村里的灼遁血继界限忍者，卷的老师，拥有桦色、绿色相间的发色，曾陪着年少的卷一同修炼。擅长使用苦无与灼遁·过蒸杀，阵之书设定其在砂隐村战斗力数一数二。原剧情中与白、再不斩等人一同被秽土转生召至战场对抗卡卡西的第三部队。
沸遁（火+水），能够制造沸腾的高温气体，可用来外放提升酸液的杀伤，可提高肉体力量。代表者五尾穆王汉、漩涡鸣人、照美冥。代表术沸遁·巧雾之术、沸遁·怪力无双。
熔遁（火+土），能够使用出岩浆或火山弹石灰等的性质变化。代表者四尾孙悟空、漩涡鸣人、老紫、黑土、土台、鸠助、金色艾特罗。代表术熔遁·灼河流岩之术、熔遁·护谟玉、熔遁·花果山、熔遁·灼河大喷火、熔遁·石灰凝之术、熔遁·螺旋手里剑等。
磁遁（风+土），通过磁力控制金属，有封印作用。代表者一尾守鹤、漩涡鸣人、三代目风影罗砂、我爱罗、特洛伊、新、希粒。代表术磁遁·砂金砂铁界法、磁遁·螺旋丸、磁遁·雀蜂双刃等。
冰遁（风+水），可以快速降温，制造出寒冰，再对寒冰进行塑型，用于攻击或者是防御。代表者雪一族（包括白母子）、华冰、薄冰、罗冰。代表术千杀水翔、魔镜冰晶等。
爆遁（火+雷），可以制造出剧烈的爆炸。代表者狩、迪达拉。代表术爆遁·地雷拳等。
岚遁（雷+水），能够发射出方向、角度可以自由控制的激光，拥有灵活的攻击方式。特别是用该术来控制雷遁，能够弥补雷遁忍术的不可控性这一缺点。代表者达鲁伊、卑留呼。代表术岚遁·励挫锁苛素、岚遁·雷云腔波、岚遁·岚鬼龙。
木遁（土+水），把查克拉化作生命之源，加速和控制植物生长，释放强力攻击，控制敌人，防御（如木遁·木锭壁），刺探和收集情报（木遁·木分身）等，而且还能克制尾兽。代表者十尾、千手柱间、绝、风祭萌黄、阿修罗，移植者：大和、志村团藏、宇智波带土、宇智波斑。代表术木遁·树界降诞、木遁·花树界降临、木遁·木龙之术、木遁·四柱家之术、仙法·木遁·真数千手顶上化佛、木遁·扦插之术、木遁·绿色之术等等。
溶遁（土+水），能够制造腐蚀性很强的粘性液体，在原剧情中该术曾经将宇智波佐助的须佐能乎都融化，破坏力惊人。代表者照美冥、博罗、六尾犀犬。代表术溶遁·溶怪之术，溶遁·烙星波。
晶遁（风+冰），能够制造晶体，用于攻击或者是防御。代表者红莲。代表术结晶五角路。
晶遁·结晶五角路是忍界世界中的一种晶遁招式，属于血继限界能力。此招式由大蛇丸的手下红莲使用，能够从地面伸出结晶形成直线刺向敌人。晶遁虽然强大，但其弱点在于声波，一旦遭遇声波攻击，晶体便会瓦解。除结晶五角路外，晶遁还包括多种衍生招式，如结晶五角牢、结晶手里剑、翠晶刀、翠晶镜、翠晶分_身、八卦八方阵、结晶迷宫之术、破晶降龙之术、翠晶六角柱、御神渡之术、水晶壁八之阵、巨大六角手里剑、六角手里剑乱舞、一矢光明、红之果实等
钢遁（土+水），可以硬化皮肤，增强自己防御能力。代表者卑留呼、金色美特罗。代表术钢化皮肤。
透遁（风+水），可以获得隐身，身体变透明。代表者月光疾风。代表术隐身术。